Omega Ω

Dopo la sconfitta di Ade la Terra viene attaccata dal dio del pianeta Marte (il Dio Mars) e dai suoi seguaci (i Martian). Al culmine di un attacco di Mars al Santuario, Seiya (ora diventato Gold Saint) scompare sigillando il nemico nel tentativo di proteggere la reincarnazione di Atena, Saori Kido, e un piccolo bambino da lei adottato di nome Kouga.
Dopo tredici anni di prigionia Mars si risveglia e riesce a rapire Atena. Toccherà quindi all'ormai adolescente Kouga combattere per salvare la sua madre adottiva. Durante il suo viaggio il giovane incontrerà il Saint di Lionet, Souma, con cui si recherà alla Palaestra, un'accademia fondata da Atena per permettere ai giovani Saint di allenarsi e diventare più forti.